La recerca del doctor Flexas se centra principalment en l’estudi de la fotosíntesi; particularment, en els mecanismes de difusió de CO₂, el seu ecofisiología i evolució.
Va ser guardonat amb el Premi Nacional Zapatero de la Societat Espanyola de Fisiologia Vegetal per a Joves Investigadors en 2005 i amb el European Young Scientist FESPP Award in Plant Biology
(2006).
El doctor Flexas apareix de manera ininterrompuda des de 2014 en el rànquing d’investigadors més citats en l’àmbit de les ciències de les plantes .